L’équipe de recherche de l’Université de San Diego a été la première à utiliser un séquenceur ADN en pleine mer. L’objectif du projet était d’examiner la biologie des océans. Les scientifiques ont pu séquencer quelques génomes bactériens durant leur expédition.
Les membres de l’équipe ont réalisé une expédition de trois semaines sur les îles de la Ligne, où 26 génomes bactériens avaient été séquencés l’année dernière. Au sud de Hawaï, près de l’équateur, deux métagénomes ont été séquencés et l’ADN présent dans chaque échantillon a été pris en compte.
Les scientifiques et les biologistes informatique du SDSU ont régulièrement voyagé dans cette région au cours de la dernière décennie, pour la collecte et l’analyse de l’habitat du corail, afin de comprendre les organismes qui y vivent. Mais également pour comprendre comment l’écosystème du récif est affecté par leur présence.
Rob Edwards, chercheur en informatique SDSU, était gêné parce qu’il devait toujours attendre d’être rentré dans son laboratoire pour analyser les échantillons prélevés :
« Si seulement nous avions ces données sur le terrain, nous pourrions nous poser les bonnes questions à ce moment et cet endroit même ».
Avec le soutien de Life Technologies, un groupe scientifique basé à San Diego, les chercheurs ont pu amener un séquenceur ADN sur l’océan. Il a été placé dans une buanderie, au niveau le plus du MY Hanse Explorer, parce que c’est le meilleur endroit pour la mise en place de la plate-forme. Il a fallu 5 heures à Yan Wei Lim pour le calibrage de l’appareil à cause des conditions de mer. Habituellement, le processus prend environ 15 minutes dans un laboratoire.
Edwards a déclaré que le groupe a l’intention de revenir à nouveau avec un séquenceur ADN pour ses prochaines expéditions et sera mieux préparé.
